到一七八零年，哈佛学院已先后建立了神学、数学和自然哲学、医学等教授讲座，学院升格为大学。按照欧洲中世纪大学的传统，必须拥有三个学院的联合体，才够格称为大学，当时马萨诸塞州议会竟破格承认哈佛学院升格为大学，这既是厚爱，也是鞭策。哈佛大学继续抓紧自身建设，一八一六年设立了神学院，一八一七年设立了法学院，加上原有的以文理为主科的哈佛学院，一共有了三个学院，成为名副其实、名正言顺的大学了。

十九世纪上半叶，哈佛大学的影响已超出马萨诸塞之外，及于美国中部和南部。在北美独立战争初年，哈佛学院的基金，连同地产的租金在内，不足一千七百英镑。战后的一七九三年，哈佛的基金已超过十八点二万美元。到了十九纪，由于校友的赞助，哈佛大学的基金稳步上升，一八六九年为二十四点二万美元，一八六九年为二百二十五万美元。

在此期间，哈佛大学的课程设置有了较大的变化。年，哈佛大学开设了拉丁文、希腊文、数学（包括天文学）、英文写作、哲学（包括形而上学、道德和政治）、神学、自然科学，希伯来语和法语两科由学生任选一科。哈佛大学课程的变化，在很大程度上是由于受德国高等教育改革的影响。在此时期，德国著名教育家威廉.洪堡关于大学教育改革提出了著名的三条原则：独立性；自由与合作二者统一的原则；教育与研究统一的原则和科学统一的原则。洪堡不仅提出了大学改革的理想，并在他倡办的柏林大学中付诸实践，提倡学术自由，教育与科研相结合，柏林大学成为德国新型大学的榜样。在哈佛大学任教的一些青年教授，曾经留学德国，受到德国大学的影响，他们要求改变英国大学的模式，转而以德为师，效法德国大学的一套制度。一八二五年。有四位青年教授联名提出四项改革意见：减少古典文学课程的比重；重视对现代外国文学的研究；设立研究生的学位制度；按照学生的能力分班教学。这四项意见当时未被采纳。

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