科学上某些方面的发现，可以证明佛说是真实的。如银河系星球的无量无边，宇宙的成住坏空，恒河沙数的微生物的存在，生物体的发光，自然现象和社会现象的因果律的存在等等。但科学并不能完全、彻底地解释佛学和禅学，更不能代替佛学和禅学。

禅与科学的基本不同点是：

首先，禅的修持是向内的，目的是明心见性；而科学研究是向外的，目的是研究物质现象。

其次，禅的修持是无限的，是超越空间、时间的；而科学研究是有限的，局限于四维空间。

第三，禅的修持是整体的，一为无量，无量为一，即法界观；而科学研究则是非整体地看问题，是有分别的。

第四，禅的修持是有形与无形的统一，而科学研究则只局限于眼前可见的，局限于有形世界。

第五，禅的修持是直觉的，而不是可形诸语言文字的概念，因为概念是有分别的，有限量的，狭隘的；而科学研究则离不开概念，否则思维分析无法进行。开悟与分别思维之概念活动更是大相径庭。概念的本质、作用与佛教的“三法印”完全相反。“诸行无常”，而概念则具常一之要求，否则科学研究无法进行。“诸法无我”，而概念则把事物固定起来，方可成为概念之本质，作为建立各种科学法则与科学关系之依据。“涅槃寂静”更是超越语言和概念的。概念活动要求对任何事物都应以语言来表达清楚，但概念只是思维之手段，仅为思想之外壳。而非事物之实质，为科学研究所必需；而于绝对、超越，一般经验所不及之处，概念思维活动就不得不止步了。涅槃乃绝对。概念必陷相对，以相对之概念，不可能表述绝对之涅槃。禅宗的“以心印心”，亦非语言概念所能表述，唯亲证其境者湛然自知。

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