冬日的暖阳穿过研究室的窗户照到玛修背上，无视室外零下十二度低温的事实蒸着微微暖意。玛修左手食指轻敲上午刚刚送来的硬碟外包装，右手食指蜷曲着用第二节指节撑着颧骨末端，右手拇指则勾住他外扩的下頷。他盯着眼前的双萤幕，因为一再出现的一组数字微微皱起眉头。

硬碟里的资料是他先前委託外包厂商，进行斑马鱼基因定序的成果。因为基因样本量很少，厂商会先将原本的dna样本用酶切断、进行聚合酶链式反应（pcr）后才定出序列。因此玛修收到的资料是数万，甚至数百万串不等长、由代表不同硷基对的字母排列而成的字串。他必须将这些零碎的字串比对拼贴，最后现出序列原本的样貌。

不过这并不是让他皱眉的原因。定序的技术和重组字串的方法已经非常成熟了。像斑马鱼这种被研究透彻的模式动物，要出大紕漏并不容易。

让他感到担忧的事情是斑马鱼粒线体（mitochondrion）的基因序列长度和线虫的一模一样。

当然不是指原始序列本身的长度一模一样。相较于细胞核的基因序列，粒线体的基因序列突变得更快，而且突变速率稳定，时常被用来评估生物的演化进程以及物种间的亲缘关係。线虫和斑马鱼两种生物天差地远，牠们粒线体的基因序列自然不同。

问题出在玛修手边的理论。他正在研究粒线体基因序列的突变与演化。如果粒线体的内共生假说──我们的真核生物祖先在二十亿年前收服了一种原核生物当「小弟」──是正确的，那么现在所有生物的粒线体硷基排列应该都源自同一条序列。由此，玛修和他的导师正着手建构一种演算法，希望能直接从生物当前的粒线体基因序列推算始祖序列的型态，并依照两者之间的差异将各个生物安在演化树上的相对位置──实现生物演化树的大一统。

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